[판례소개] 미환류소득 법인세 환급 시 세무조사로 인해 발생한 가산세의 환급 범위에 대한 판례 소개- 서울행정법원2025구합54339, 2026.05.13

해당 글은 미환류소득 법인세를 둘러싼 경정청구와 세무조사 추징사유의 관계를 다룬다. 2021년 10월 청구법인은 미환류소득 법인세를 과다 납부했다고 보고 경정청구를 제기했고, 같은 달 말 국세청은 2016∼2020사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시했다. 2022년 4월 세무조사 결과에 따라 과소납부된 법인세와 가산세가 경정고지되었고, 2022년 6월 청구법인은 경정청구를 받아들여 미환류소득 법인세를 환급받았다. 2022년 9월에는 세무조사로 인해 법인세가 증가했으나 환급분까지 반영하면 정당세액보다 적게 납부했다는 이유로 가산세 환급을 구하는 경정청구를 제기했다. 2024년 2월 처분청은 소득 법인세와 미환류소득법인세를 통산할 수 없다며 청구의 가산세 환급 경정청구를 거부했고, 청구법인은 이에 심판청구를 제기했다. 2025년 3월 심판원은 납부지연가산세는 부과하지 않는 쪽으로 세액을 경정하고 나머지 청구는 기각했다. 납세의 기본 원칙은 과소신고가산세의 부과 여부는 실제 추가 납부세액이 있는지 여부에 달려 있으며, 미환류소득 법인세 환급금액까지 포함해 전체 법인세 기준으로 추가 납부세액이 없으면 과소신고가산세를 부과할 수 없다는 판단이다. 이 해석은 세무조사로 증가한 법인세와 미환류소득 환급분의 통산이 가능하다는 점을 전제로 한다.

1심 법원은 2018∼2020사업연도에 대해 추가 납부세액이 없으므로 과소신고가산세를 부과할 수 없다고 판단했다. 국세기본법 제47조의3 제1항의 해석에 따르면, 과소신고가산세는 단순한 신고 누락이 아니라 “납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고한 경우”에 부과되며, 미환류소득 법인세는 각 연도 법인세 산출세액의 기초가 되어 통산이 가능하다. 따라서 미환류소득 환급금까지 포함한 전체 기준으로 추가 납부세액이 없으면 과소신고가산세도 부과될 수 없다는 취지이다. 개인적으로 이 해석과 판단에 동의하며, 향후 항소심에서 큰 변화가 있을 가능성은 낮아 보이나 지켜볼 필요가 있다. 이와 별도로 경정청구를 받아들인 청구법인은 세무조사로 인해 불가피하게 발생하는 가산세를 환급받기 위한 전략으로 특정 시기에 경정청구를 인용하는 사례를 보였을 가능성도 제시된다. 국세청 입장에서는 조사로 징수한 가산세를 전액 환급하는 것이 반가운 일은 아닐 수 있다.

세법상 문제소지는 없지만, 세무조사 추징과 미환류소득 환급 사이의 관계를 둘러싼 해석 차이가 존재한다. 향후 항소심에서 판단이 바뀔 가능성은 낮아 보이지만, 전체 판결 흐름은 주의 깊게 지켜볼 필요가 있다. 세무 관련 문의나 상담이 필요하면 적절한 채널을 통해 문의가 가능하다.