Alignment tool 인 salmon 은 Transcript에 mapping 하기에 주로 RNAseq 에서 사용한다. Paired 데이터의 경우, paired 로 존재하는 reads만 사용하며, 각 Transcript 에 mapping 된 reads 의 수, TPM, Effective Lengh 를 계산해준다.
NumReads bam read(single) paired bam read 810,724 394,261 TPM X = One Transcript https://www.reneshbedre.com/blog/expression_units.html 1) Normalization of X RPK X of RPK = (X 에 매핑된 reads의 수 x1,000) / X of Effective Length 2) Normalization of Total RPK 로 보정 X of TPM = X of RPK / Total PRK TPM(=abundance) = X 에 매핑된 reads의...
원문 링크 : RNAseq)salmon
