De-Bruijn graph 를 통해 만들어진 각 active region에 해당하는 haplotypes과 해당하는 reference 를 비교한다. dynamic programming 과 유사한데, 이 둘을 비교하기 위해서 이러한 table을 모두 채워야 한다. 채워갈 때는, 아래, 오른쪽, 왼쪽아래 대각선 채우는 방법은 substitution matrix 와 Gap penalty 를 사용한다.
이렇게 채워진 table을 따라서 이렇게, 확실하지 않은 자리를 통해 variant site를 유추하게 된다. 유추할 때는 왼쪽, 위쪽, 왼쪽위 대각선 유추된 variant site를 통해 pairHMM에 사용하게 된다....
haplotypecaller - smith waterman algorithm에 대한 요약내용입니다.
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