Seurat (1)

10X 데이터를 분석을 진해하기 위해 cellranger 를 사용하면 barcodes.tsv, genes.tsv 그리고 matrix.mtx 형태의 데이터를 얻을 수 있다. Seurat 에 존재하는 Read10X function를 통해 해당 데이터들을 읽어드리면 gene by barcode(cell) 인 "Matrix" 형태를 얻게 된다.

Read10X pbmc.data <- Read10X(data.dir = "../data/pbmc3k/filtered_gene_bc_matrices/hg19/") CreateSeuratObject > pbmc <- CreateSeuratObject(counts = pbmc.data, project = "pbmc3k", min.cells = 3, min.features = 200) > dim(pbmc.data) [1] 32738 2700 > dim(pbmc) [1] 13714 2700 > pbmc.data["OR4F5", 1:12] AAACATACAAC...