RNAseq)edgeR 원리 1)

edgeR은 RNA counts data로부터 Differential Expression(DE) Analysis 를 진행하며 속도측면에서 빠르고 Bayesian gene-wise dispersion estimation을 구할 수 있기에 유전자와 전사체 간의 정보를 알 수 있습니다. RNA분석은 Count data를 그대로 사용하지 않고 normalization을 필요로 하며 edgeR에서 사용하는 normalization 과정 중 사용하는 옵션들에 대해 설명해보겠습니다. 1) DGEList > edgeR 에서 데이터를 효율적으로 사용할 수 있도록 List-based data 형태로 변환시켜주는 옵션이며 각각의 샘플에 대해 1) Counts data 2) Library.size(= sequencing depth = sums of the counts) 를 얻을 수 있습니다. x$samples. group을 정해주지 않아서 숫자형태 2) filterByExpr > Computer Cost...