1) DGEList 2) filterByExpr 3) calcNormFactors Differential Expression analysis 진행 중, 한 샘플에서 highly expressed genes 이 total library size에 상당한 부분을 차지한다고 가정하면, 그 외 genes 은 total library size에서 낮은 비율로 존재하게 되어 해당 샘플에서 down-regulated expression으로 예측되게 된다. calcNormFactors 은 이런 오류를 최소화 하기 위해 normalization을 진행하여 그 방법은 대부분의 genes 에 대해 samples 사이의 log fold change(logFC)값을 최소화하는 library sizes의 scaling factors를 찾아내어 normalization을 진행해준다. 찾아진 Scaling factors 값과 original library sizes의 값을 통해 만들어진 값을 effective ...
원문 링크 : RNAseq)edgeR 원리 2)
