GCTA 와 SAIGE 에서 Genetic Relationship Matrix(GRM) 을 사용하여 GWAS 분석을 진행한다. GCTA에는 total SNPs를, SAIGE에서는 parameter를 추정하기 위하여 null model 에 fitting 하기 위해 sparse GRM을 사용한다.
GRM 은 무엇일까? Genetic Relationship Matrix(GRM) Genetic Relationship Matrix는 SNPs와 Individuals 사이의 연관성을 나타내는 matrix이다.
GCTA 실습 R code #Make simulate data n=5; m=3 set.seed(10) p = runif(m, min=0.2, max=0.5) ### allele frequency were draw from a uniform distribution x_A1 = t(replicate(n, rbinom(m, 1, p))) ### for the plink ped file x_A2 ...
