[RNA data] 실제 논문을 통한 R코드 실습 # DEG 분석과 결과 해석 # GEO database 사용법 # DESeq2

저번 글에 RNA-seq 데이터 전처리와 관련해 포스팅을 하였다. 이번편에서는 실제 논문을 따라한 예시 실습을 올리고자 한다.

※단 주의할 점은 이번편에 사용한 데이터는 #microarry data이다. 그치만, DEG 분석과정은 RNA-seq과 동일하게 시행하였다 (DEG 분석에 더 focusing하길) 이번편은 한마디로, #GEOquery tool을 사용해 GEO dataset을 뽑아내고 #DESeq2 tool로 DEG분석하는 법이다.

내가 simulation한 논문의 제목은 'Identification of DEGs-related prognostic risk model for survival prediction in breast carcinoma patients'이다. 논문 링크 ↓ https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34175839/ Identification of differentially expressed genes-related prognostic ...

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