[생물정보학] rna-seq : QC, normalization-RPKM,TPM,FPKM (2)

#RNA-seq 분석 pipeline의 개념에 대해 정리하고자 한다. DNA, RNA는 분석 전에 기본적으로 지켜야 할 pipeline이 있다.

아래 그림과 같이 RNA-seq alingment → QC → Normalization(TPM/FPKM/RPKM) → DEG 순으로 대충 볼 수 있다. RNA-seq 분석 pipeline RNA-seq은 어디에 사용되는가?

새로운 gene mutation이나 gene fusion을 찾을때 (*gene fusion은 geneA와 geneB가 합쳐져 새로운 protein을 만드는 것) Gene expression 값을 봐서 low/high expression 비교할 수 있음 Alternative 유전자를 찾기 위해서도 사용함 Bioinformatics로 분석하기 이전에 실험 과정에서 중요한 요소를 살펴보자면, (실험) in vivo part의 RNA-seq library에서 Sequencing depth가 중요하다, sequencing dept...

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