MAGMA

GWAS result를 이용해, 동일한 유전자에 위치한 SNP들의 통계값들을 통합 Genome-wide gene-based analysis 수행 홈페이지에서 MAGMA 프로그램 및, gene location file과 LD reference panel 다운로드 Gene-SNP annotation 수행 후 gene-based analysis #MAGMA 설치 및 압축해제 wget https://ctg.cncr.nl/software/MAGMA/prog/magma_v1.10.zip unzip magma_v1.10.zip #환경 경로에 MAGMA 추가 -> 모든 디렉토리에서 실행 가능 export PATH=$PATH:[MAGMA 설치 디렉토리/magma_v1.10] #Gene location 및 reference panel 다운로드 wget https://vu.data.surfsara.nl/index.php/s/Pj2orwuF2JYyKxq/download #Gene_location (Grc...