!!! 스포 주의 !!!
에단이 솔로몬 레인을 체포한지 2년이 지난 현재. 레인이 이끌던 신디케이트의 잔당, 통칭 '아포슬'이 테러를 벌이고 있으며, '존 라크'라는 신원 불명의 인물이 그들과 손을 잡고 플루토늄이라는 핵무기를 획득해 핵폭탄을 터트리려 한다.
에단의 이번 임무는 아포슬이 플루토늄을 손에 넣는 것을 막는 것. 에단의 팀은 아포슬 대신 플루토늄을 가진 범죄 조직과의 거래를 시도하지만, 도중에 아포슬의 개입으로 그만 루터가 인질로 붙잡히고 만다.
에단은 고민 끝에 루터를 살리지만, 플로토늄은 아포슬의 손에 넘어간다. 이후 어느 병실, 에단은 존 라크와 손을 잡고 핵무기를 계획한 닐스 델브룩이라는 극단주의 핵물리학자로부터 휴대폰의 접속 코드를 알아내는 데에 성공한다.
에단은 헌리 국장으로부터 존 라크를 체포하고 아포슬로부터 플로토늄을 회수하라는 임무를 받는다. 그때 CIA 국장 에리카 슬론이 나타나 플로토늄을 빼앗긴 에단의 실수를 질책하며, 자신의 부하를 감시 목적으로 에단...