reference에 alignment된 bam file의 크기가 12G 라고 가정해보자. realignment 된 bam file을 얻고싶어서 realignment tools을 사용하여 나오는 bam file의 크기는 600M 으로 약 1/20 이 줄어든다. * realignment tools 로 Mutect2 force calling mode 사용 (mutect2 force calling mode 추가옵션 : -L -active-probability-threshold 0.001 --max-reads-per-alignment-start 0 --min-base-quality-scrore 10 --pair-hmm-implementation FAST_AVAILABLE ) 이를 통해 알 수 있는건 mutect2의 원리가 seed(K-mer) 에서의 정보만 찾다보니 realignment 된 raw.bam 에 비해 많은 정보가 생략되었다는 것인데 gatk 에서 확인해보니 mutect에서 output..........
