NGS정리)한국인칩(Koreanchip)

Microarray chip GWAS 분석이나 RNA 발현량을 확인하기 위해 사용된다. (Microarray chip에 대한 원리 및 자세한 설명은 정리가 되는대로 기록하고자 함) 그러나 기존에 상용유전체칩(illumina chip 등)은 서양인 중심으로 제작되었다.

한국인의 유전체를 서양인 중심인 Chip으로 분석하는 경우 크게 나타나는 문제를 설명하면 한 사람의 전체 유전자는 30억 base pair 를 갖고 있으나 Chip 에 30억개를 모두 담을 수 없다. 그렇기에 Chip에 존재하는 probe는 30억개 중에서 특이하거나 중요한 SNP를 probe를 설정해야 하는데 allele 의 Frequency가 모든 사람에게서 또는 각 나라 사람들에서 비슷한 SNP 보다 MAF 가 낮은 SNP들을 통해 probe로..........