TWAS) Error

모델을 구축한 후 아래와 같이 model에 사용된 snps 가 매칭되지 않다고 하는 에러 (INFO - 0% of model's snps used)의 이유 두 가지를 찾았다. 1) GWAS(plinkr format or dosage format) result의 snp_id 가 model 의 snp_id 와 일치하지 않는 경우 (ex rs429358 , 19:45411941) 2) SPrediXcan.py 옵션 중 BETA 값을 구했는데 zcore_column 이라고 기록한 경우 이다. 위 두 가지를 고려하였을 때 코드가 작동하였다. https://github.com/hakyimlab/MetaXcan GitHub - hakyimlab/MetaXcan: MetaXcan software and manuscript MetaXcan software and manuscript.

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