Expression matrix Calculate Adjacency matrix Calculate TOM Similarity matrix TOM 이란? Topological Overlap Matrix 의 약어로서 TOM의 을 통해 직접적인(aij) 관계와 간접적인(Iij) 관계를 계산하는 방식이며 이를 통해 두 유전자의 유사성(similarity)를 계산할 수 있다.
계산과정은 아래와 같다. aij = The adjancency matrix of gene i and gene j. Iij = Gene i와 gene j 사이에 간접적인 관계를 갖는 값의 총량 aij는 검은 동그라미의 유전자들 사이의 관계이며 Iij는 검은 동그라미 주변의 투명한 동그라미 유전자가 여러개인 유전자의 값이다.
직관적으로는 아래 Scale free network. https://en.wikipedia.org/wiki/Scale-free_network 곧 TOM을 통해 직접적인(aij) 관계와 간접적인(Iij)...
