[BI / Quality Check] FastQC 설치, 이용, 설명

Sequencing data quality 확인을 위한 FastQC 설치, 이용, 설명 # FastQC란? FastQC는 영국 Babraham 연구소에서 fastq 파일에 저장된 유전자 서열의 품질을 검증할 수 있는 오픈소스 소프트웨어.

실험을 통해서 sequence를 얻고 나서 실험 과정에 문제는 없었는지 raw data를 확인할 수 있는 좋은 도구. GC contents, per-base sequence quality 등 다양한 정보를 제공함으로써 전반적인 sequencing quality 확인 가능.

Window, Mac, Linux 환경에서 모두 사용 가능. 결과는 HTML 기반으로 만들어짐.

결과에서 각 항목에 대한 기준치에 의해서 quality에 대한 warning과 failure을 판단한다. # FastQC 설치 - Linux 버전 기준 https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ 접속. Download Now...